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NEB/PURExpress® Δ RF123 Kit/E6850S/10 reactions
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NEB/PURExpress® Δ RF123 Kit/E6850S/10 reactions
品牌 / 
NEB
货号 / 
E6850S-10reactions
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Description:

Arapidmethodforgeneexpressionanalysis,PURExpress®isanovelcell-freetranscription/translationsystemreconstitutedfromthepurifiedcomponentsnecessaryforE.colitranslation.Withminimalnucleaseandproteaseactivity,thePURExpresssystempreservestheintegrityofDNAandRNAtemplates/complexesandresultsinproteinsthatarefreeofmodificationanddegradation.Transcriptionandtranslationarecarriedoutinaone-stepreaction,andrequirethemixingofonlytwotubes.Withresultsavailableinafewhours,PURExpresssavesvaluablelaboratorytimeandisidealforhighthroughputtechnologies.

PURExpressCitations

Figure1:ProteinexpressionusingthePURExpress®InVitroProteinSynthesisKit.Figure 1: Protein expression using the PURExpress® In Vitro Protein Synthesis Kit.

25μlreactionscontaining250ngtemplateDNAand20unitsRNaseInhibitorwereincubatedat37°Cfor2hours.2.5μlofeachreactionwasanalyzedbySDS-PAGEusinga10–20%Tris-glycinegel.Thereddotindicatestheproteinofinterest.MarkerMistheProteinLadder(NEB#P7703).
Figure2:Incorporationof35S-methionineenablesvisualizationofproteinbyautorADIography.Figure 2: Incorporation of 35S-methionine enables visualizationof protein by autoradiography.

25μlreactionscontaining250ngtemplateDNA,20unitsRNaseInhibitorand2μl35S-metwereincubatedat37°Cfor2hours.2.5μlofeachreactionwasanalyzedbySDS-PAGE,thegelwasfixedfor10minutes,driedfor2hoursat80°Candexposedtox-rayfilmfor5hoursat-80°C.
Figure3:SchematicdiagramofproteinsynthesisandpurificationbyPURExpress.Figure 3: Schematic diagram of protein synthesis and purification by PURExpress.

Figure4:ExpressionandreversepurificationofDHFR(A)andT4DNALigase(B)usingPURExpress.Figure 4: Expression and reverse purification of DHFR (A) and T4 DNA Ligase (B) using PURExpress.
125μlreactionswerecarriedoutaccordingtorecommendationsintheaccompanyingmanual.Sampleswereanalyzedona10–20%Tris-glycinegelandstainedwithCoomassieBlue.Notethatinbothcases,thedesiredproteincanbevisualizedinthetotalproteinfraction.Thereddotindicatestheproteinofinterest.MarkerMistheProteinLadder(NEB#P7703).

KitComponents

Thefollowingreagentsaresuppliedwiththisproduct:

Storeat(°C)Concentration
RF1 (10 μl)
RF2 (10 μl)
RF3 (10 μl)
Control(DHFR)template
PURExpressSolutionA
PURExpressSolutionB3.3X

Notes:

Forapositivecontrolreaction,use2μlofthesuppliedDHFRcontroltemplateand0.5μleachofthesuppliedreleasefactors.Eachkitcontainssufficientreagentsfor10x25µlreactions.Thethreereleasefactorsaresuppliedseparately,allowinguserstoperformaproteinsynthesisreaction/ribosomedisplayexperimentwith/withoutreleasefactorsoftheirchoice.ReleasefactorshavenotbeenaddedtosolutionB.Youmaystillobservetranslationalterminationatareducedleveldependingonyourapplicationandproteintemplatedesign.PURExpressDHFRControlTemplatesequencefiles:Fasta,GenBank
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转录 - 将DNA片段读入蛋白质合成的RNA模板 - 是几乎所有细胞过程的基础,包括生长,响应刺激和繁殖。现在,怀特黑德研究所的研究人员已经完全理解了转录是如何被控制的以及转录因子在这个过程中的作用。该模式的转变,在一篇文章中在线12月7日在该杂志描述的细胞,铰链上起着关键作用的小蛋白质的基因组结构,给了我们新的见解在转录和基因表达的变化控制如何导致疾病。转录有几个重要的参与者,必须在正确的时间在正确的地方:转录机制,转录因子,启动子和增强子。根据现有模型,转录因子是与基因组的增强子区 查看更多>
上海杏园瑞民生物工程有限公司在发布的Apoptosis PCR Array凋亡基因表达PCR芯片 384孔板供应信息,浏览与Apoptosis PCR Array凋亡基因表达PCR芯片 384孔板相关的产品或在搜索更多与Apoptosis PCR Array凋亡基因表达PCR芯片 384孔板相关的内容。 查看更多>
单等位基因表达(monoallelic gene expression)是指在二倍体生物的细胞中一个基因的全部转录本均来自一个等位基因的现象。群体水平的细胞表达谱分析(bulk analysis)表明,印记效应与等位 查看更多>
PCR的假阳性问题是在PCR诞生之初就被深刻认识到了,同时由于造成假阳性的因素相对单一,因此假阳性并不是困惑检验工作的主要原因。如果一个项目只是阳性率高敏感性好的话,那么可以认为其阴性结果具备很高的可排除性,仍然有相当的临床适用价值。但PCR的假阴性在检验工作中仍很严重,并且用些 查看更多>
近日,一项刊登在国际杂志Genome Medicine上的研究报告中,来自斯坦福大学医学院的研究人员通过研究发现,免疫细胞的基因表达或许能够有效预测机体对流感的易感性,文章中,研究者表示,表达KLRD1的自然杀伤细胞或许能作为机体对流感易感性的特殊生物标志物。 研究者Erika Bongen说道,这项研究中我们对四项独立流感挑战研究中来自全血转录组数据中的免疫细胞的比例进行了评估分析,随后对在三项队列研究中接种流感疫苗之前有症状脱落者... 查看更多>
都说熬夜对身体的损害很大,但是仍然有很多“夜猫子”不顾自己的身体健康继续熬夜。大部分人以为偶尔熬夜一次,第二天多休息会儿对健康的影响不大,可事实真的是这样吗?科学证明,“夜猫子”付出的代价远比我们所认知的还要多。Uppsala 大学的 Cedernaes 教授率领他的中国、德国和悉尼同事们对所谓“偶尔一次”的熬夜进行了深入研究,试图阐明熬夜对身体伤害的根本机制。这个研究团队的研究表明,仅仅熬夜一晚就会引发组织特异性的表观遗传、基因表达定... 查看更多>
2021-07-20
中国将开发自主知识产权肿瘤基因表达谱芯片 查看更多>
专营生物仪器,移液器系列,离心机系列,化学类试剂,细胞培养等生物方面产品 查看更多>
以前只要提到基因表达分析,人们就会想到荧光定量PCR;只要提到高通量基因表达分析,人们会首先想到基因芯片。虽然荧光定量PCR仪几乎每个实验室都有,但是做芯片就不一定每个实验室都具备这个条件了。 查看更多>
近日,一项刊登在国际杂志Genome Medicine上的研究报告中,来自斯坦福大学医学院的研究人员通过研究发现,免疫细胞的基因表达或许能够有效预测机体对流感的易感性,文章中,研究者表示,表达KLRD1的自然杀伤细胞或许能作为机体对流感易感性的特殊生物标志物。 研究者Erika Bongen说道,这项研究中我们对四项独立流感挑战研究中来自全血转录组数据中的免疫细胞的比例进行了评估分析,随后对在三项队列研究中接种流... 查看更多>
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Mitogen-activated protein (MAP) kinases are important players in signal transduction pathways activated by a range of stimuli and mediate a number of physiolog 查看更多>
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应该就是基因表达谱。翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱

表达谱差异分析(differential expression profiling)主要包括基因表达谱(gene expression profiling) 和蛋白质表达谱(protein expression profiling) 。大规模表达谱分析已经成为认识疾病分子机制的有利方法,在癌症研究等方面取得了一定的进展。成功的表达谱分析基于实验及其过程分析的有机结合。实验过程从关注的疾病开始,首先收集大量的疾病相关组织样本,样本数量可从10 多个到数百个,但必须足以对每一组织类型及个体差异进行比较分析,而且许多情况下不能仅简单地分为正常和疾病组织。例如,在对糖尿病的研究中,所收集的样本来自健康人、胰岛素耐受和糖尿病病人的不同试验阶段,如胰岛素治疗前后。样品还应包括其他器官的取材,以便进行基因表达的组织分布研究。为了便于对后来的实验数据进行分析管理,需采集并储存所有的组织样本和临床参数。接下来进行组织样本的处理,利用生物芯片(寡核苷酸芯片、cDNA 芯片或全基因组芯片) 进行表达谱测定,并进行生物信息学分析。
通常,表达谱的分析结果需进一步的实验加以证实。定量RT2PCR 是最灵敏的确证方法,该方法还可以将确证实验的范围扩大到原测组织以外的更广泛的组织和组织类型,揭示基因表达的组织分布情况。
确证实验揭示了疾病相关基因。据此,可以进行进一步研究,探索这些基因的功能,开发新的治疗手段。例如,对于正常和疾病组织中表达有显著性变化的基因,可以进行新治疗靶点的鉴定和确定研究,或利用实验和分析工具研究分析其功能;对于疾病组织中活性升高的酶,可以当作前药活化酶进行鉴定研究。典型的表达谱能够显示疾病过程中有大量的已知基因表达的改变,而许多已知基因的代谢通路、表达产物酶学分类和蛋白质功能业已发表,将两者对照分析,可以鉴定出酶活性,选择其中可能成为前药活化酶的部分进行进一步研究;对于疾病特异的蛋白质,可以进行抗原表型分析,决定疫苗的开发策略。
寻找差异表达基因的方法除芯片技术外,一些新的检测方法如差异显示PCR ( differential display PCR, DD-PCR) 、消减杂交( suppression subreactive hy bridization , SSH) 等也相继得到结合应用。

请教各位,我是做在体实验,在体给予刺激30分钟后观察蛋白的表达变化,结果是蛋白表达升高,但有人质疑30分钟这么短的时间能否真的引起蛋白表达的明显变化,所以请教各位,一般蛋白从转录到表达需要多长时间?

基因转录1123
2021-07-21
我想知道什么是转录基因?
基因转录 123
罗特DSkn32021-07-26
在RNA聚合酶的催化下,以DNA为模板合成mRNA的过程称为转录(transcription)。在双链DNA中,作为转录模板的链称为模板链(template strand)或反义链(antisense strand);而不作为转录模板的链称为编码链(coding strand)或有义链(sense strand),编码链与模板链互补,它与转录产物的差异仅在于DNA中的胸腺嘧啶(T)变为RNA中的尿嘧啶(U)。在含许多基因的DNA双链中,每个基因的模板链并不总是在同一条链上,亦即可作为某些基因模板链的一条链,同时也可以是另外一些基因的编码链。
转录后要进行加工,转录后的加工包括: 几乎全部的真核 mRNA 端都具“帽子”结构。虽然真核生物的mRNA的转录以嘌呤核苷酸三磷酸(pppAG或pppG)领头,但在5’端的一个核苷酸总是7-甲基鸟核苷三磷酸(m7GpppAGpNp)。mRNA 5’端的这种结构称为帽子(cap)。不同真核生物的mRNA具有不同的帽子。
mRNA的帽结构功能:①能被核糖体小亚基识别,促使mRNA和核糖体的结合;②m7Gppp结构能有效地封闭RNA 5’末端,以保护mRNA免疫5’核酸外切酶的降解,增强mRNA的稳定性。 (postranslational processing):从核糖体上释放出来的多肽需要进一步加工修饰才能形成具有生物活性的蛋白质。翻译后的肽链加工包括肽链切断,某些氨基酸的羟基化、磷酸化、乙酰化、糖基化等。真核生物在新生手肽链翻译后将甲硫氨酸裂解掉。有一类基因的翻译产物前体含有多种氨基酸顺序,可以切断为不同的蛋白质或肽,称为多蛋白质(polyprotein)。例如胰岛素(insulin)是先合成86个氨基酸的初级翻译产物,称为胰岛素原(proinsulin),胰岛素原包括A、B、C三段,经过加工,切去其中无活性的C肽段,并在A肽和B肽之间形成二硫键,这样才得到由51个氨基酸组成的有活性的胰岛素。向左转|向右转
准备做双荧光酶报告基因,设计了A转录因子过表达质粒,和启动子报告基因,考虑能不能直接用A转录因子蛋白代替A转录因子过表达质粒;这样用报告基因转染细胞再加A转录因子到细胞培养液中培养,这样能不能行得通?
生命活动丰富多彩、千变万化。但是万变不离其宗,不管如何变化都围绕着中心法则展开。核酸作为遗传物质指导蛋白质的表达,表达产生的一些特殊蛋白(如转录因子、调控蛋白)反过来又对DNA指导合成蛋白质的过程进行调控。对基因表达调控的研究一直是生物学研究热点,涉及到生命活动的各个过程,也是各类信号通路研究无法绕过的部分。
当面对某个基因表达调控研究时,第一个想到的研究对象是什么?没错,就是基因的启动子。通过启动子区域对基因表达进行调控是最直接有效的手段,所以也是研究基因表达调控的重点。现在的基因数据库信息丰富,拿到基因及其启动子序列非常简单。那么问题又来了,拿到启动子序列以后,下一步怎么找相关的调控蛋白/转录因子呢?生物信息学方法预测?你会得到很多可能的目标调控蛋白/转录因子,还要做实验一个一个验证。凝胶迁移(EMSA),染色质免疫共沉淀(ChIP)?只能针对已知能与启动子结合的调控蛋白/转录因子,而且还需要相应探针/抗体,对于大量筛选无能为力。
美国Signosis的转录因子(结合启动子)微孔板芯片检测试剂可以方便、高效地解决这一问题。该方法专门用于筛查与特定DNA序列(通常是含有转录因子结合位点的启动子序列)相互作用的调控蛋白/转录因子,获得目的基因的启动子序列后,使用该方法可以筛查48/96种常见的调控蛋白/转录因子与启动子序列结合情况。该方法利用转录因子与特定DNA序列结合的特点,针对每一种转录因子设计相应的生物素标记探针;当混合探针与核蛋白样本共同孵育时,探针与相应的转录因子结合形成转录因子/探针复合物;除去游离的探针,收集转录因子/探针复合物;分离复合物中的DNA探针,探针的量与探针的量与转录因子含量呈正相关。在探针混合物中同时加入启动子片段,如果DNA序列中含有转录因子结合位点,就会与生物素标记的探针竞争性结合转录因子,转录因子与相应探针形成的复合物减少。通过比较有无目的基因启动子片段中转录因子探针检测差异,可以分析出与无目的基因启动子片段相互作用的转录因子种类。
这种方法可以简单、快速地在48/96种常见转录因子筛选出与目的启动子片段相互作用的调控蛋白/转录因子,从而进一步探索目的基因的表达调控。待筛选的调控蛋白/转录因子都是在生命活动中起重要通的调控蛋白/转录因子,大大方便了后续的基因表调控、信号通路及其它方面的研究。
http://www.biomart.cn/infosupply/17197307.htm

转录因子(启动子结合)微孔板阵列检测试剂I(FA-2001_Promoter-binding_TF_profiling_assay_I).pdf(91.72k)
如何在转录水平 检测某基因的表达
1.基因丢失:体细胞分化过程必须将某些基因永久性的关闭,最简单有效的方式就是将其丢失.2.基因扩增:发育分化、环境条件的改变,对某些产物的需要量急剧增加--增加该基因的拷贝数.3、基因重排:某些基因片段改变原来的书顺序重新排列.4、甲基化修饰,脊椎动物,DNA上特定的CpG序列的C处可发生甲基化修饰.5、染色质结构的修饰.
检测目的基因是否转录通常采用分子杂交的方法。 基因表达分为转录及翻译两阶段,转录是以DNA(基因)为模板生成mRNA的过程,翻译是以mRNA为模板生成蛋白质的过程,检测外源基因的表达就是检测特异mRNA及特异蛋白质的生成。
转录和翻译的模板就是基因的DNA序列,也就是说有了DNA序列,才有了某一种固定的蛋白质,即蛋白质的氨基酸序列是由DNA序列决定的.

 单等位基因表达(monoallelicgeneexpression)是指在二倍体生物的细胞中一个基因的全部转录本均来自一个等位基因的现象。群体水平的细胞表达谱分析(bulkanalysis)表明,印记效应与等位基因间的相互抑制作用是产生单等位基因表达的两种可能的机制。由于群体水平的分析可能低估了单细胞内单等位基因表达的普遍程度,单细胞水平的研究可以更加全面地揭示细胞内的单等位基因表达现象。

  

  中国科学院遗传与发育生物学研究所多个课题组以水稻叶肉细胞为对象,合作研究并揭示了植物中存在广泛的单等位基因表达。焦雨铃研究组将单细胞转录组的测定技术(single-cellRNA-seq)应用于植物细胞,并成功获得了两个水稻亚种(93-11和Nipponbare)及其正反交后代(F1)的叶肉细胞的单细胞表达谱。钱文峰和王秀杰研究组利用93-11和Nipponbare亚种之间的单核苷酸多态性估计出F1细胞中两个等位基因的表达量。通过比较等位基因的表达量,定义出细胞中单等位基因表达的基因。结果表明,单个细胞中约三分之二的基因是单等位基因表达的。进一步研究发现,等位基因表达的独立性和随机性能够很好地解释细胞中单等位基因表达的现象。该研究在单细胞水平上揭示了单等位基因表达现象的普遍性和可能的机制,为进一步研究细胞内基因表达调控规律奠定了基础。

  

  上述研究成果于2017年9月23日在线发表于ScienceBulletin(DOI:10.1016/j.scib.2017.09.011)。焦雨铃研究组已毕业的博士生韩莹莹和钱文峰研究组的博士生楚霄为该文章的共同第一作者。焦雨铃和钱文峰为该文章的共同通讯作者。王秀杰研究员参与了课题合作。该研究得到了科技部973项目、中组部“万人计划”和植物基因组学国家重点实验室的资助。

  

  图:水稻叶肉细胞呈现出广泛的单等位基因表达


最近导师要求做一个关于PARP家族蛋白在肝癌和癌旁组织中转录以及表达情况的初步研究,以确定目前的课题是否有很大价值。我之前一直在做湿实验,没有生信背景,所以对这个工作比较头疼。我不会编程(只有很浅薄的R基础),而且没有统计学基础,所以直接上网查找有没有可以在网上直接进行分析的网站。我一开始是上cbioportal上对肝癌的mRNA转录谱进行分析(我只会看网站上红得蓝的表达上调下调的标记,不会看zscore什么的。。。),但网站里面提供的对照是一个所谓的标准正常人。我没查到这个所谓的标准正常人是什么,而且导师说肝癌可能存在个体差异,所以要求用肝癌及其对应的癌旁组织的转录谱和表达谱进行分析。我上GEO搜索癌旁组织(paracanceroustissue),根本什么想要的结果都没有。我现在完全是一头雾水,无从下手,希望有做相关领域工作的前辈们或是做与之类似的工作的前辈们提供指导,非常感谢!

某种转录因子有四种不同的亚型(N1N2N3N4),我想检测它们在某种细胞内的表达情况,能不能提取这种细胞的蛋白,然后跑western,通过敷育四种对应的抗体最后来确认哪种亚型表达得多,哪种亚型表达得少呀?我做了三次western,结果在对应的分子量区域都没有呈现条带出来!有前辈说这样做是无意义的,因为细胞可能对不同抗体的敏感性不同,所以跑western时用一种样本分别敷四种抗体的话是没有可比性的。真的是这样吗?我看文献里也有人做不同蛋白亚型在组织中的表达,他们能做出来条带。求各路大神指点啊!(抱拳)
转录组数据中,RPKM是Reads Per Kilo bases per Million reads的缩写,代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。

转录是遗传信息由DNA转换到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步,转录是mRNA以及非编码RNA(tRNA、rRNA等)的合成步骤。是遗传信息从DNA流向RNA的过程。即以双链DNA中的确定的一条链(模板链用于转录,编码链不用于转录)为模板,以ATP、CTP、GTP、UTP四种核苷三磷酸为原料,在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
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