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제품특징
□ 특징
● Picogram 수준의 극소량 샘플 적용: 250 pg - 10 ng total RNA (Human, mouse, rat)
● Versatile: FFPE, LCM 샘플을 포함한 다양한 종류의 Sample 적용 가능
● Stranded information: 매우 높은 정확성으로 transcript strand information 유지
● Fast, streamlined protocol: 5시간 내 NGS Library 제작 완료
● Seamless integration with Illumina sequencing
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammlian은 Picogram 수준의 total RNA (250 pg - 10ng)로부터 Illumina sequencing library를 효율적으로 제작할 수 있다.또한 high-quality, partially degraded RNA 뿐만 아니라 low quality total RNA (FFPE 또는 LCM 샘플등)로부터도 NGS library 제작이 가능하다. 본 제품은 strand information을 정확하게 유지할 수있을 뿐 아니라 cDNA 합성 이후 별도의 librarypreparation 과정 없이 역전사과정과 PCR 증폭과정에서 Illumina sequencing 분석용 index와 adaptor를 부착할 수 있다. Ribosomal RNA (rRNA)는 total RNA의 약 90%를 차지하는 RNA로써 NGSlibrary 제작 전, rRNA를 제거(depletion)함으로써제작비용을 절감할 수 있을 뿐만 아니라 mapping statistics 또한 향상시킬 수 있다. 하지만 매우 극소량의 Total RNA를 이용할 경우 일반적인 방법의 rRNA depletion은 NGS library 제조하는 데 필요한양에 미치지 못 하게 된다. 본 제품에 사용된 기술은 mammalianrRNA와 mitochondrial RNA 특이적인Probe를 이용하여 rRNA derived cDNA를 제거한다. High-troughput version인 SMARTer StrandedTotal RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)은96개의 index library 제작을 위한 12개의 reverse primer와 8개의 forward primer를 포함하고 있다.
□ Alternate kits forother input amounts:
- For 10-100 ng total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian (Code 634861)
- For 100 ng-1 μg total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian (Code 634873)
그림1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian 원리 This workflow allows users to generateIllumina-compatible libraries for RNA-seq experiments. After librarypreparation and purification, the total time from input RNA to RNA-seq libraryis approximately five hours.
그림2. Human tissue로부터 전사체 분석 결과와 exon mapping 결과 Distribution of reads in libraries preparedwith the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian in theabsence (-) or presence (+) of R-Probes, using 250 pg of hum an total RNA.Sequences corresponding to 1 million paired-end reads per library wereanalyzed.
그림3. FFPE, LCM 샘플과 같은 degraded RNA로부터 capture 결과 Distribution of insert sizes are shownfor libraries generated from 250 pg of high-quality (RIN 8) or highlydegraded (RIN 2.5) human total RNA using the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit- Pico Input Mammalian with a 4 min shearing time (RIN 8) or with the alternateno-shearing protocol (RIN 2.5). RNA-seq libraries were sequenced on an IlluminaMiSeq instrument in paired-end mode. The number of mapped fragments with anygiven insert size was normalized to the total number of fragments in thelibrary. Fragments mapping to rRNA or the mitochondrial genome were excluded.
그림4. Ribosomal cDNA depletion에 유무에 따른 Highreproducibility Comparison of FPKMs from librariesgenerated with 250 pg human brain or heart total RNA with (+) or without (-)ribosomal cDNA depletion (i.e., with or without R-Probes, respectively) usingthe SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian. FPKM values areshown on a Log10 scale. Transcripts represented in only one librarycan be seen along the x- and y-axes of the scatter plots.
□ 적용
● Robust NGS library generation that retains strand information
● Use for RNA-seq on Illumina platforms
● Captures coding and non-coding information from total mammalian RNA
□ 구성품
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635005)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina - 12
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635006)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina - 48A
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina
ebiomall.com
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一连串的涨工资,补助等等跟钱相关的郁闷事就不好在这里说了,总之我估计,虽然都比以前多了,但是真正没几个心里舒服的,原因,就问那些有奇怪想法的决策人吧.表面上看,我应该开心,但实际也没觉得应该开心到哪去.
提及本人那"恐怖"的工作,想必看过有关"通风橱"日志的朋友们应该相对了解的多一些,恩,药物合成.电视上都看过实验室瓶瓶罐罐的吧,本人工作环境虽赶不上那么高端,但实质都是这些东西.最近呢,为之困扰的是这次项目中的一个试剂,属于剧**类试剂,含巯基化合物,搞化学的人都知道,巯基可是不得了的,毒性咋先不说,单是这味道,是很不好闻的,臭,都臭不明白!用某些人的话说,臭,都不是个正宗的臭味,结果上网一查,该化合物的嗅觉最低阈值是相当的低,解释起来就是说,极少的极微量的液体就会引起很大的气味.
味,咱做合成的人,倒不怕.用过那么多试剂了,比这吓人的,"化肉化骨水"之类的都用着跟玩似的了,也没什么.可是这东西不同寻常啊,它太臭了做一次实验,如果真的不带防护措施的话,我一天的饭都不想吃,想起了就想吐,所以必须,跟领导提出买全套防毒设施.包括防毒面具和防护服.
领导还算重视,特批,买!
结果呢?跟采购提了计划,本以为这东西,如果上个心,不难买的,谁知道呢,采购也是隔行如隔山,怎么说也不懂,怎么给找网上的图片也不行.也是我自己用,没人着急,今天到早上扫完雪我就跑去做实验,一直站到下午3点,腿都软了,跑回办公室还得查这些,不单是查销售厂家,还得打电话询问,可是除我之外没人着急,可是除我之外没人闻味了
这些呢,也不算什么,累就累点儿,也都是给自己干活儿,谁让咱是个认真的人!结果呢!上网一查才知道,如果达到我所形容的防护级别,也就是全身防护,且尽量不闻到任何气味,就需要那种背氧气瓶的全套密闭装备,钱贵不说,得至少1万,就这套设备穿身上也够我戗了,工作不便捷,我自己也不想.无奈,只能退而求其次,结果各种选择都不太能两全其美,本来这边买防护设施着急,我那边实验还得有人做,做的不顺利也着急,那会儿真想放弃,我自己都打心眼里不想买什么防护设施了,不就是毒么?我这么累这么忙,我还得象求着谁了似的,我图个什么啊!就觉得太委屈了!加之前一阵子各种跟钱有关的风波,那就不能想了,再想只是给自己添烦恼了.
其实困难最主要在于,我从来没接触过这些防毒设施,对于各个样式的防护服和防毒面具,不知道其防护特点是否正是我所需要的.网上图片毕竟是太平面化,跟实际物品的差距很大.而身边也没有参考和推荐,时间有限,感觉,很懊恼.
实际上,可以自己做项目的感觉很好,起码是给自己一个锻炼的机会,当然,也是对自己负责任,可是一连串的事件实在是给我冲击很大,心理的困难很重.这样的情况下,人会觉得太过于失衡.自己知道,同样的劳动报酬下,工作量不同,不是在我这个年龄应该去比的,或者你多做的,也是多得的.但是别往我这工作的激情与热情上面泼冷水吧!,,,无奈,,,
允许我暂时的牢骚,可能明天的我,又会开始象没受过"伤害"一样辛勤的奋战在我的"有毒战场",也希望大家不要一闻着臭的东西就来追问是不是我又开始做实验,最好别因此而隔离我,阿门.
PS.如果真的有哪位行家,用过可以防毒气(主要是防味)的防护设施,可以留言跟我推荐,不胜感激.
1、在实验室内一切有可能产生毒性蒸气的工作必须在通风橱中进行，并有良好的排风设备。2、在稀释浓硫酸时，不能将水往浓硫酸里倒，而应将浓硫酸缓缓倒入水中，不断搅拌均匀。3、取用有毒、有恶臭味的试剂时，要在通风橱中操作；使用完毕后，将瓶口封严。4、化学危险物品应当分类、分项存放，还原性试剂与氧化剂、酸与碱类腐蚀剂等不得混放，相互之间保持安全距离。5、受阳光照射易燃烧、易爆炸或产生有毒气体的化学危险品应当在阴凉通风的地点存放。
在实验室通风橱的机械系统设计上常常遇到一些问题，特别是刚入行的设计师，所以今天中南实验室在这里为各位来简单的讲解一方面的提议或意见，希望能对各位有所帮助，或有更好的建议大家也可以一起讨论。
问题
容纳通风橱的实验室具有于以下方面有关的特殊的机械系统要求。
1.正面速率和静态压力2.通风橱排风3.通风橱窗口的选择4.通风橱立管
一、正面速率和静态压力
必须有足够的空气“牵引力”（称为正面速率）从通风橱通过管道系统来移动烟气。通常推荐大约每分钟100英尺的正面速率。为了维持稳定的正面速率，要求有一定数量的空气或排放量。排放量以立方英尺每分钟来计量。无论正面速率还是排气量都受选择的通风橱类型，它在实验室设计中的位置，以及房间的采暖，通风和空调系统的影响。
窗口位置也影响正面速率。窗口是设置在通风橱正面的一块透明玻璃板，在保护使用者不与危险化学药品和烟气接触的同事提供了通风橱内部的使用。
空气隔片影响气流进入通风橱的方式。布置在窗口的正下方，空气隔片能减少进入通风橱的空气的涡流，带来更高的效率和更好的通风橱密封（一些通风处也将空气隔片置于窗口的左侧和右侧）。
静态压力是空气流过一个通风橱时产生的阻力。有时候被称为静态压力损失，它以水的英寸高度来计量。在越低的静态压力值下，通风橱运行得越有效，而且噪声也越少。
显然，经过一个通风橱的空气量（排气量）和空气进入的速度（正面速率）将影响静态压力值。有一些其他通风橱设计特征也会影响静态压力：
1.更大的隔板开口使用空气更容易通过通风橱。
2.一个更大的排风出口使更多的空气以更低的速度通过。
3.一个锥形的排气圈减少了湍流。
4.排气圈和隔板形状共同影响系统的静态压力。
二、通风橱排气系统
有两种类型的通风橱排风气系统：
（1）定量（CV）(2)可变空气量
两个系统都可以与单独或集合的管道及送风机配置一起使用。一个实验室的通风橱排气系统统必须与房间的HVAC系统兼容。
1.定量排气系统
CV通风橱保持固定的排气量为不考虑窗口的位置。所以表面速率必须通过其他一些方式来控制。一个CV系统并没有考虑许多灵活性来适应不同的要求。假如实验室机构中通风橱不多，那么一个CV系统可能比一个VAV系统更划算。另一个优点是CV系统更易于运行和维护，因为它具有更简单的控制。三种类型的通风橱可以提供定量的功能：
具有CV排气系统的旁路（bypass）通风橱
加入一个旁路（当窗口降低时的一个额外排气处）是一种将正面速率保持在一个可接受范围内的方法，同事也维持房间通风系统和通风橱排气量之间的平衡。CV通风橱装有位于窗口上方的旁路百叶，它在窗口降低时打开，允许额外的空气进入通风橱
具有CV排气系统的辅助空气（auxiliaryair）通风橱
当没有足够的房间空气来满足一个通风橱的排气量要求时，可以推荐一个辅助空气通风橱。空气从外面引入，在冬天时加热到房间温度或者在夏天时冷却到房间温度±20ºF然后供给通风橱。当窗口升起时，辅助空气被导向通风橱面。当窗口放下时，辅助空气从上部进入通风橱。
带着50%-70%的辅助共给空气运转，这些通风橱显然使用更少的房间空气，这可以节约能量。然而，共给空气的温度和水分必须小心控制以防止泄露的问题或对通风橱中进行的工作产生反作用。在通风橱正面的不受欢迎的湍流可以通过小心平衡通风橱和房间的通风系统来防止。
具有CV排气系统的有限旁路（restrictedbypass）通风橱
当有限旁路通风橱装备有“减小开方面的装置”和无遮挡窗口时，可以定量运行。这种改进的窗口设计可以减少30%-60%的排气量。这降低的排气量减少了旁路，可以定量运行而无需过多地增加正面速率。
2.可变空气量排气系统
VAV系统通过改变排气量维持固定的正面速率以对应于窗口位置的变化。当窗口完全打开时，最大数量的空气被排放。应当维持总排气量20%的最小气流以在窗口关闭的情况获得最佳的密封和满意的稀释。
VAV技术在过去大约20年里已经变得更加成熟。尽管VAV比一个CV系统更精密而且要求更多的硬件，但在特定环境中结果可以是有益的。今天，越来越多的实验室工程师具有维护并运行VAV系统能力。
具有VAV排气系统的有限旁路通风橱
所有VAV系统都应当与一台有限旁路通风橱一起使用以节约能量和最安全。由于只从房间中吸取需要用来维持制定正面速率的空气量，当窗口处于一个关闭位置时可以节约大量的能量。竖直或水平面窗口配置都可以有效地使用于VAV应用中。
三、窗口的选择
有三种类型的窗口：竖直、水平和组合式。
1.竖直窗口
竖直升起的窗口提出几个需要考虑的设计问题。
优点：竖直升起窗口比其他的窗口类型更便宜。它们允许研究者无限制地使用通风橱的内部。
缺点：在窗口的整个开放区域可能要求100fpm的正面速率，致使一个标准的6英尺普通化学通风橱需要1200fpm的排气量。使用的排气量要求更多的能量用于空气移动，由于要求更大、更贵的供排气系统而增加了费用。
2.水平窗口
水平滑动窗口是另一个选择。
优点：对于一块四面板的通风橱来说，在任何时间都只有一部分的正面区域可以打开减少了排气和相关的能量要求。水平滑动面板可以用来作为面部和身体的防护。
缺点：一个水平的窗口比一个竖直的窗口更贵。它对研究者有更多的限制，因为它提供更少的通风橱使用区域，除非面板被挪走。在一些情况下，使用者为了操作目的移走面板而没有重新搁回它们，导致了低速而且不安全的通风橱速率。
3.组合窗口
组合窗口或双重窗口是一种今天正在许多实验室设计中安装的相对新型的设计。
优点：相对于一个竖直窗口，伴随着一个组合窗口的使用，排气被减少了40%-等于一个6英尺通风橱有500cfm-结果是能量要求的减少。水平滑动面板可以用作面部和身体的防护。竖直窗口可以再操作期间升起，在减少的空气速率中提供对通风橱内部的充分使用。
缺点：组个窗口的初始费用比竖直或水平窗口两者都更高（但组合窗口在长期更加合算）。
四、通风橱立管
排气通风橱基本上有两种方式：专用（独立）排气系统和多管排气系统。必须在工程的早起请假这两个选择，因为决定将会对层高，长期运行和维护费用，以及建筑的外部形象产生影响。
1.独立排气系统
假如要求一个独立排气系统的话，通风橱排气管道的立管将不得不靠近通风橱。竖井不得不分隔不同的排气管道，就像建筑规范中所说的那样。当每个专用排气管道到达屋顶时，它被连接到一个独立排气扇上或者集中到建筑外部屋顶上的一个中央位置。由于所有的额外部件，独立烟囱和风扇的使用可能要求更多的维护。
优点：有更多的能力来控制或处理。没有从不同通风橱或实验室出来的烟气的混合。排气管道竖直地直接排向大气。假如只有少量的通风橱的话，这个系统更加便宜。
缺点：这个系统要求一个相当大数量的独立风扇，更多的管线，和更多的屋顶穿透，它们通常共同增加了初始造价和维护费用。系统更加难以平衡得多，而减少无人使用期间的排气量会很昂贵。不能使用能量收回系统。
2.多管排气系统
假如有一个中央多管通风橱排气系统的话，那么排气可以连接在楼层某个位置的一根主管道上。多管系统有几种选择。在许多情况下，一个多管系统被设计成可能需要用于特殊要求的专用排气管，比如放射性同位素和高氯通风橱。
优点:排放的空气在上升进入空气之前很好地被稀释。这个中央排气方式非常可靠，具有冗余的风扇容量。能量消耗可以通过能量回收和VAV控制来减少。
缺点：这个系统不应当与处理放射性材料、高氯酸、强氧化剂、高活性化学药品、或者生物危险材料（BL-3）的通风橱或要求水冲洗的通风橱一起使用。管道延伸得更长并有使火灾蔓延的可能性。
最好添上出处，谢谢各位！
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