- ExpressgenesclonedintoanyT7vectorwiththeseBL21(DE3)derivatives
- Effectiveinexpressingtoxic&membraneproteins
- Citedinover350researcharticles
- InterestedinacompetentE.colistrainforroutineproteinexpression?Lookhere
E.coliBL21(DE3)strains,likeLucigen’sE.cloni®EXPRESSCompetentCellsprovidereliableexpressionofmanygenesclonedintoT7expressionvectors(e.g.,pETorLucigen’spSMART®-CDNAvectors).However,insomecasesexpressionisminimalornotdetectablebecausetherecombinantprotein,whenexpressed,isdeleteriousorlethaltothesestandardBL21strains.Examplesofsuchtoxicproteinsincludemanymembraneproteins,somecytoplasmicproteins,andnucleases.Unfortunately,successfulexpressionofoneormoretoxicproteinsisoftenimportanttotheexperimentalgoal.
Lucigen’sOverExpressElectrocompetentandChemicallyCompetentCellsareE.colistrainsthatareeffectiveinexpressingtoxicproteinsfromallclassesoforganisms,includingeubacteria,yeasts,plants,viruses,andmammals.Theeffectivenessofthesenewstrainsinexpressingtoxicproteinshasbeenvalidatedinmorethan350publications.
TheOverExpressstrainscontaingeneticmutationsphenotypicallyselectedforconferringtolerancetotoxicproteins.ThestrainC41(DE3)wasderivedfromBL21(DE3).Thisstrainhasatleastonemutation,whichpreventscelldeathassociatedwithexpressionofmanyrecombinanttoxicproteins.ThestrainC43(DE3)wasderivedfromC41(DE3)byselectingforresistancetoadifferenttoxicproteinandcanexpressadifferentsetoftoxicproteinstoC41(DE3).Figure1graphicallyillustratestheadvantagesoftheOverExpressCompetentCells,comparedtostandardBL21(DE3)cells,inexpressingtoxicproteins.
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Figure1.GreenFluorescentProtein(top)orRedFluorescentProtein(bottom)expressedfromaT7promoterconstructthatwastransformedintoC41,BL21,orC43competentcellsspreadonIPTGplatestoinduceproteinexpression. |
Table1andFigure2summarizetransformationeffectiveness,toleranceofexpression-inducedtoxicity,andproteinexpressionforT7expressionplasmidscodingforavarietyofrecombinantproteins.TheseresultsdemonstratethattheOverExpressC41(DE3)andC43(DE3)strainsareclearlysuperiortotheparentalBL21(DE3)intransformationandexpressionoftoxicproteins.
Table1.ComparisonofOverExpressC41(DE3)andC43(DE3)cellswiththeparentalstrainBL21(DE3)intransformationandexpressionofheterologousproteins.**
| Strain | Transformation SuccessRatea | Expression-inducedToxicityb | ExpressingPlasmidsc |
BL21(DE3) | 16/26(62%) | 25/26(96%) | 14/26(54%) |
C41(DE3) | 28/28(100%) | 14/28(50%) | 24/28(86%) |
C43(DE3) | 28/28(100%) | 1/28(4%) | 23/28(81%) |
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Figure2.ComparisonofOverExpressC41(DE3)andC43(DE3)cellswiththeparentalstrainBL21(DE3)intransformationandexpressionofheterologousproteins.** |
aTransformationsuccesscorrespondstothepresenceofcoloniesonLB+ampicillinagarfollowingtransformationwithaplasmid.
bExpressiontoxicitycorrespondstotheabsenceofcoloniesonLB+ampicillin+IPTGagarfollowingtransformationwithaplasmid.
cExpressingplasmidscorrespondstoobservationofaheterologousproteininthetotalcellpelletonCoomassie-stainedSDS-PAGEfollowinggrowthofacolonyinLB+ampicillinmediumandinductionwithIPTG.
**L.Dumon-Seignovert,G.Cariot,andL.Vuillard(2004).ProteinExpressionandPurification37,203-206.Datausedwithpermission.
AsinstandardBL21(DE3)strains,OverExpressC41(DE3),C41(DE3)pLysS,C43(DE3),andC43(DE3)pLysSarelysogensof&lamBDa;DE3.ThesestrainscarryachromosomalcopyoftheT7RNAPolymerasegeneunderthecontrolofthelacUV5promoter.ThesestrainsaresuitableforproductionofproteinfromtargetgenesclonedintoT7-drivenexpressionvectors.OverExpressC41(DE3),C41(DE3)pLysS,C43(DE3),andC43(DE3)pLysSarealsodeficientinthelonandompTproteases.
OverExpressC41(DE3)pLysSandC43(DE3)pLysSalsocarryachloramphenicol-resistantplasmidthatencodesT7lysozyme,whichisanaturalinhibitorofT7RNApolymerase.CellscontainingpLysSproduceasmallamountofT7lysozyme.ThesestrainsareusedtosuppressbasalexpressionofT7RNApolymerasepriortoinduction,thusstABIlizingrecombinantsencodingparticularlytoxicproteins.
FAQWhichOverExpresscellstrainshouldIuse?
ItisdifficulttopredictwhichofthefourOverExpressstrains–C41(DE3),C43(DE3),C41(DE3)pLysS,orC43(DE3)pLysS–willworkbestinexpressingagivenprotein.WerecommendinitiallyusingtheOverExpressComboPack™whichcontains3reactionseachofthefourOverExpresscompetentcellstrains,todeterminewhichoneisbestforyourapplication.TheOverExpressstrainsareavailableaselectrocompetentorchemicallycompetentcells.
Becausetherearenointrinsicantibioticresistances(orplasmids)ineitherC41(DE3)orC43(DE3),thestrainscanbedifferentiatedfromeachotherandfromBL21(DE3)bytransformationwithastrainverificationvector,pAVD10.pAVD10containstheuncFgene(encodingthebeta-subunitofE.coliATPase)underthecontroloftheT7promoter.ThisplasmidislethaltoBL21(DE3)andtoinducedC41(DE3),butitistoleratedbyC43(DE3)regardlessofinduction.pAVD10isprovidedwithOverExpressCells.
ORDERINFORMATION
EachOverExpresskitcontainsElectrocompetentorChemicallyCompetentCellsinSOLOpackaging(1transformationpertube),ExpressionRecoveryMedium(lactoseminus),pUC19PositiveControlPlasmid,pAVD10VerificationPlasmid,andcompleteprotocols.ComboPackscontain3reactionseachofchemicallycompetentC41(DE3),C43(DE3),C41(DE)pLysS,andC43(DE3)pLysS.ebiomall.com
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最近导师要求做一个关于PARP家族蛋白在肝癌和癌旁组织中转录以及表达情况的初步研究，以确定目前的课题是否有很大价值。我之前一直在做湿实验，没有生信背景，所以对这个工作比较头疼。我不会编程（只有很浅薄的R基础），而且没有统计学基础，所以直接上网查找有没有可以在网上直接进行分析的网站。我一开始是上cbioportal上对肝癌的mRNA转录谱进行分析（我只会看网站上红得蓝的表达上调下调的标记，不会看zscore什么的。。。），但网站里面提供的对照是一个所谓的标准正常人。我没查到这个所谓的标准正常人是什么，而且导师说肝癌可能存在个体差异，所以要求用肝癌及其对应的癌旁组织的转录谱和表达谱进行分析。我上GEO搜索癌旁组织（paracanceroustissue），根本什么想要的结果都没有。我现在完全是一头雾水，无从下手，希望有做相关领域工作的前辈们或是做与之类似的工作的前辈们提供指导，非常感谢！
翻译是指mRNA在核糖体的帮助下翻译成肽链
基因表达则是二者的统一，即DNA转录成RNA，RNA翻译成肽链，并最终折叠成有意义的蛋白质
当面对某个基因表达调控研究时，第一个想到的研究对象是什么？没错，就是基因的启动子。通过启动子区域对基因表达进行调控是最直接有效的手段，所以也是研究基因表达调控的重点。现在的基因数据库信息丰富，拿到基因及其启动子序列非常简单。那么问题又来了，拿到启动子序列以后，下一步怎么找相关的调控蛋白/转录因子呢？生物信息学方法预测？你会得到很多可能的目标调控蛋白/转录因子，还要做实验一个一个验证。凝胶迁移（EMSA），染色质免疫共沉淀（ChIP）？只能针对已知能与启动子结合的调控蛋白/转录因子，而且还需要相应探针/抗体，对于大量筛选无能为力。
美国Signosis的转录因子(结合启动子)微孔板芯片检测试剂可以方便、高效地解决这一问题。该方法专门用于筛查与特定DNA序列（通常是含有转录因子结合位点的启动子序列）相互作用的调控蛋白/转录因子，获得目的基因的启动子序列后，使用该方法可以筛查48/96种常见的调控蛋白/转录因子与启动子序列结合情况。该方法利用转录因子与特定DNA序列结合的特点，针对每一种转录因子设计相应的生物素标记探针；当混合探针与核蛋白样本共同孵育时，探针与相应的转录因子结合形成转录因子/探针复合物；除去游离的探针，收集转录因子/探针复合物；分离复合物中的DNA探针，探针的量与探针的量与转录因子含量呈正相关。在探针混合物中同时加入启动子片段，如果DNA序列中含有转录因子结合位点，就会与生物素标记的探针竞争性结合转录因子，转录因子与相应探针形成的复合物减少。通过比较有无目的基因启动子片段中转录因子探针检测差异，可以分析出与无目的基因启动子片段相互作用的转录因子种类。
这种方法可以简单、快速地在48/96种常见转录因子筛选出与目的启动子片段相互作用的调控蛋白/转录因子，从而进一步探索目的基因的表达调控。待筛选的调控蛋白/转录因子都是在生命活动中起重要通的调控蛋白/转录因子，大大方便了后续的基因表调控、信号通路及其它方面的研究。
http://www.biomart.cn/infosupply/17197307.htm
转录因子（启动子结合）微孔板阵列检测试剂I（FA-2001_Promoter-binding_TF_profiling_assay_I）.pdf(91.72k)
但严格来说，还是有区别的。因为基因的表达产物包括蛋白质和RNA（rRNA和tRNA）。如果产物是蛋白质，就是转录翻译；如果产物是RNA，就只是转录过程，没有翻译过程。
表达谱差异分析(differential expression profiling)主要包括基因表达谱(gene expression profiling) 和蛋白质表达谱(protein expression profiling) 。大规模表达谱分析已经成为认识疾病分子机制的有利方法,在癌症研究等方面取得了一定的进展。成功的表达谱分析基于实验及其过程分析的有机结合。实验过程从关注的疾病开始,首先收集大量的疾病相关组织样本,样本数量可从10 多个到数百个,但必须足以对每一组织类型及个体差异进行比较分析,而且许多情况下不能仅简单地分为正常和疾病组织。例如,在对糖尿病的研究中,所收集的样本来自健康人、胰岛素耐受和糖尿病病人的不同试验阶段,如胰岛素治疗前后。样品还应包括其他器官的取材,以便进行基因表达的组织分布研究。为了便于对后来的实验数据进行分析管理,需采集并储存所有的组织样本和临床参数。接下来进行组织样本的处理,利用生物芯片(寡核苷酸芯片、cDNA 芯片或全基因组芯片) 进行表达谱测定,并进行生物信息学分析。
通常,表达谱的分析结果需进一步的实验加以证实。定量RT2PCR 是最灵敏的确证方法,该方法还可以将确证实验的范围扩大到原测组织以外的更广泛的组织和组织类型,揭示基因表达的组织分布情况。
确证实验揭示了疾病相关基因。据此,可以进行进一步研究,探索这些基因的功能,开发新的治疗手段。例如,对于正常和疾病组织中表达有显著性变化的基因,可以进行新治疗靶点的鉴定和确定研究,或利用实验和分析工具研究分析其功能;对于疾病组织中活性升高的酶,可以当作前药活化酶进行鉴定研究。典型的表达谱能够显示疾病过程中有大量的已知基因表达的改变,而许多已知基因的代谢通路、表达产物酶学分类和蛋白质功能业已发表,将两者对照分析,可以鉴定出酶活性,选择其中可能成为前药活化酶的部分进行进一步研究;对于疾病特异的蛋白质,可以进行抗原表型分析,决定疫苗的开发策略。
寻找差异表达基因的方法除芯片技术外,一些新的检测方法如差异显示PCR ( differential display PCR, DD－PCR) 、消减杂交( suppression subreactive hy bridization , SSH) 等也相继得到结合应用。
生命活动丰富多彩、千变万化。但是万变不离其宗，不管如何变化都围绕着中心法则展开。核酸作为遗传物质指导蛋白质的表达，表达产生的一些特殊蛋白（如转录因子、调控蛋白）反过来又对DNA指导合成蛋白质的过程进行调控。对基因表达调控的研究一直是生物学研究热点，涉及到生命活动的各个过程，也是各类信号通路研究无法绕过的部分。
当面对某个基因表达调控研究时，第一个想到的研究对象是什么？没错，就是基因的启动子。通过启动子区域对基因表达进行调控是最直接有效的手段，所以也是研究基因表达调控的重点。现在的基因数据库信息丰富，拿到基因及其启动子序列非常简单。那么问题又来了，拿到启动子序列以后，下一步怎么找相关的调控蛋白/转录因子呢？生物信息学方法预测？你会得到很多可能的目标调控蛋白/转录因子，还要做实验一个一个验证。凝胶迁移（EMSA），染色质免疫共沉淀（ChIP）？只能针对已知能与启动子结合的调控蛋白/转录因子，而且还需要相应探针/抗体，对于大量筛选无能为力。
美国Signosis的转录因子(结合启动子)微孔板芯片检测试剂可以方便、高效地解决这一问题。该方法专门用于筛查与特定DNA序列（通常是含有转录因子结合位点的启动子序列）相互作用的调控蛋白/转录因子，获得目的基因的启动子序列后，使用该方法可以筛查48/96种常见的调控蛋白/转录因子与启动子序列结合情况。该方法利用转录因子与特定DNA序列结合的特点，针对每一种转录因子设计相应的生物素标记探针；当混合探针与核蛋白样本共同孵育时，探针与相应的转录因子结合形成转录因子/探针复合物；除去游离的探针，收集转录因子/探针复合物；分离复合物中的DNA探针，探针的量与转录因子含量呈正相关。在探针混合物中同时加入启动子片段，如果DNA序列中含有转录因子结合位点，就会与生物素标记的探针竞争性结合转录因子，转录因子与相应探针形成的复合物减少。通过比较有无目的基因启动子片段中转录因子探针检测差异，可以分析出与无目的基因启动子片段相互作用的转录因子种类。
这种方法可以简单、快速地在48/96种常见转录因子筛选出与目的启动子片段相互作用的调控蛋白/转录因子，从而进一步探索目的基因的表达调控。待筛选的调控蛋白/转录因子都是在生命活动中起重要通的调控蛋白/转录因子，大大方便了后续的基因表调控、信号通路及其它方面的研究。
应用高通量技术进行转录组测序是一种快捷可靠的获取转录组信息的方法。mRNA的转录本表达分析，通过获得研究对象基因组转录区域的信息，鉴定转录发生位点，可变剪切等，其精确的计数方法更可对基因进行精确的定量分析。
大家好，本人实验小白一枚，目前在寻找自己的毕业课题，有个实验问题想请教论坛里面的各位大侠。前期的实验证明某个转录因子具有抑癌作用，在正常肝脏组织中高表达，在肝癌组织中低表达，在HepG2，SMMC-7721等肝癌细胞株中缺失表达。我现在想用染色质免疫共沉淀结合高通量测序的方法筛选它的下游基因，由于在肝癌细胞株中缺失表达，我可以构建一个过表达转录因子的质粒到肝癌细胞株中做染色质免疫共沉淀吗？或者还有更好的方法筛选下游基因吗？谢谢！
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